【結論】
後遺障害認定や示談交渉の場面で不利となる可能性があります。
とはいえ、整骨院（接骨院）に通いたいという被害者の方が多いのも事実です。整骨院（接骨院）へ通いつつ、不利にならないようにしたいということであれば、交通事故に精通した弁護士へ早急に相談すべきです。
【回答】
整骨院（接骨院）の柔道整復師は医師免許を持っていません。そのため、医師がいる病院と整骨院（接骨院）とで取扱いが異なります。
病院への通院実績が十分になければ後遺障害の認定は難しいですし、また、整骨院（接骨院）での治療費を自腹扱いとした裁判例すらあります。
もっとも、整骨院（接骨院）へ通った被害者の全員が、後遺障害が認定されないわけでも、治療費が自腹になるわけでもありません。整骨院（接骨院）へ通いつつ、適切な対応によってリスクを減らすこともできるのです。
あるいは、そもそも、最近は、沖縄でも土日夜間の対応をしている整形外科医も増えてきていますので、「忙しいから整骨院（接骨院）にしか行けない」というのは単なる先入観にすぎません。
いずれにしましても、まずは交通事故に精通した弁護士へ早急にご相談されるのが良いでしょう。